In vielen Fällen kommt es durch das komplizierte Steuerrecht bei Bezug von Kurzarbeitergeld zu Steuernachzahlungen.
Die Arbeitnehmer erhalten weniger Arbeitslohn, der jedoch durch das Kurzarbeitergeld wieder aufgefüllt wird. Das Kurzarbeitergeld ist steuerfrei, wird jedoch bei der Ermittlung des Steuersatzes berücksichtigt, dem das übrige steuerpflichtige Einkommen unterliegt (der so genannte Progressionsvorbehalt). Das Kurzarbeitgeld wird also steuerlich behandelt wie das Krankengeld, Elterngeld oder auch Arbeitslosengeld.
Das Kurzarbeitergeld muss in der Einkommensteuererklärung angegeben werden. Sofern man nicht bereits aus anderen Gründen zur Einkommensteuer veranlagt wird, ist man zur Abgabe einer Einkommensteuererklärung jedenfalls dann verpflichtet, wenn das Kurzarbeitergeld, ggf. zusammen mit anderen dem Progressionsvorbehalt unterliegenden Leistungen, die der Steuerpflichtige oder dauernd getrennt lebender Ehegatte im selben Kalenderjahr erhalten haben, 410 € übersteigt.
In vielen Fällen (je nach Bezugsdauer und Höhe des Kurzarbeitergeldes) wird dies zu erheblich geringeren Steuererstattungen bzw. Steuernachzahlungen führen.